Program Keahlian AKUNTANSI KEUANGAN LEMBAGA menjadi jurusan tertua yang berada di SMK YPKK 2 Sleman. Dimana jurusan ini mampu menyiapkan profesional accounting yang sanggup mengerjakan pembukuan keuangan di perusahaan / lembaga berskala lokal hingga nasional dengan kemampuan akuntansi manual maupun akuntansi digital. Selain itu, dalam jurusan AKL ini, siswa juga akan banyak belajar tentang manajemen keuangan UMKM, manajemen keuangan usaha, perpajakan, perbankan, serta aplikasi-aplikasi akuntansi yang banyak sudah dipakai di industri dengan bekerja sama dengan berbagai kampus seperti FEB UGM, dan bidang industri lainnya. Sehingga jurusan ini akan mengantarkan siswa ke pengalaman belajar menyenangkan, bekerja (PKL 6 bulan), dan berwirausaha secara mandiri.